R package 使用说明

从原始 LC-MS 文件到可复现的统计与通路结果。先了解数据结构，再按功能包逐步学习，最后运行完整 workflow。这里覆盖官网包目录中的 R 包；R Shiny 应用有独立教程。

1. 安装与版本管理
2. tidymass — 安装与管理包体系
3. massdataset — 构建、查看与交换数据集
4. massconverter — 转换厂商原始文件
5. massprocesser — 峰检测与样品对齐
6. masscleaner — 过滤、填补与归一化
7. massqc — 质量评估与报告
8. massdatabase — 获取与构建参考数据库
9. metid — Feature 注释与谱图审查
10. massstat — 探索变异与组间比较
11. metpath — 通路与 feature 模块分析
12. masstools — 分子式、谱图与 ID 工具
13. MetNormalizer — 使用独立归一化流程
14. 完整 LC-MS 分析工作流

版本依据

版本按 2026-09-23 核对的官方源码记录，不将桌面软件内置版本等同于 R 包最新版本。开发分支、镜像和已安装环境可能不同，分析时请保存自己的 sessionInfo。

历史 R 教程保留原地址供旧项目参考。