文档核对版本: 1.0.10 · 2026-09-23
化合物层面的富集需要去重后的化合物 ID、对应物种的通路库和明确的筛选规则。KEGG ID 与 KEGG 资源对应，HMDB ID 与相容资源对应，不能直接用名称替代 ID。
enrich_kegg()、enrich_hmdb()、enrich_pathways() 提供相应富集接口，显式设置多重校正方法。enrich_kegg() 的背景来自传入的通路数据库，没有独立的 background 参数。如果实验需要以实际测到的化合物为背景，应构造并核验受限数据库，或采用可显式指定背景的方法，不能把完整数据库暗称为实测背景。
Feature 方法包括同位素注释、RT 分组、候选分配、活性评分、零分布和 perform_fpa()。它拓展对未充分鉴定 feature 的解释，但保留注释不确定性。模块结果是待验证假设，不能确认其中每个化合物或实际通路活性。柱状图、散点图和网络图用于展示相应结果。
功能范围
通路数据提取筛选、过度表达富集检验、富集图和网络、同位素/feature 分组及功能模块分析。
使用示例
# Requires your deduplicated IDs and a pathway_database object.
# enrichment <- metpath::enrich_kegg(
# query_id = unique(selected_kegg_ids), query_type = "compound",
# id_type = "KEGG", pathway_database = pathway_database,
# method = "hypergeometric", p_adjust_method = "BH",
# p_cutoff = 0.05, threads = 2
# )
help("perform_fpa", package = "metpath")
函数查询
下面列出已核对源码中导出的 API，包括兼容接口与辅助函数。具体参数以安装版本的 R 帮助为准；例如运行 help("函数名", package = "metpath")。
展开导出函数列表
annotate_isotope, annotate_metabolites_fpa, arrange, calculate_activity_score, calculate_activity_socre, calculate_centrality, calculate_redundance, compound_list, database_info, describtion, enrich_bar_plot, enrich_hmdb, enrich_kegg, enrich_metabolic_pathway, enrich_network, enrich_pathways, enrich_scatter_plot, filter, filter_pathway, gene_list, generate_null_activity_score_distribution, get_hidden_metabolites, get_pathway_class, group_peaks_rt, identify_metabolic_modules, metpath_conflicts, metpath_logo, metpath_packages, pathway_class, pathway_id, pathway_name, perform_fpa, plot_metabolic_module_fpa, plot_metabolic_network_fpa, reference_list, related_disease, related_module, remove_redundancy, score_peak_group