文档核对版本: 0.99.3 · 2026-09-23
核心 mass_dataset 同时保存强度矩阵、样品信息、feature 信息、可选 MS2、注释表和处理历史。矩阵的行是 feature，列是样品；ID 和顺序必须与元数据对应。
处理自己的数据时，分别读取三张表，保留文本 ID，构造数值强度矩阵，并按 sample/feature ID 对齐行列，再调用 create_mass_dataset()。下例使用包内数据展示结构。使用 tidy 操作前通过 activate_mass_dataset() 明确操作的是样品还是 feature 信息。
通过 mutate_ms2() 加入 MS2，先检查离子模式、RT 单位和前体/RT 匹配容差。extract 系列函数用于取出普通表格；export_mass_dataset() 用于交换文件；RDS 保留完整对象。MS-DIAL/MZmine、mzTab 和 SummarizedExperiment 转换器各有输入约定，不能把任意 CSV 当作同一种格式。
功能范围
数据构建与校验，样品/feature 编辑筛选、连接合并，MS2 读写，注释和历史提取，缺失值/RSD 汇总及格式转换。
使用示例
data("expression_data", package = "massdataset")
data("sample_info", package = "massdataset")
data("variable_info", package = "massdataset")
object <- massdataset::create_mass_dataset(
expression_data = expression_data,
sample_info = sample_info,
variable_info = variable_info
)
head(massdataset::extract_sample_info(object))
head(massdataset::extract_variable_info(object))
saveRDS(object, "dataset.rds")
函数查询
下面列出已核对源码中导出的 API，包括兼容接口与辅助函数。具体参数以安装版本的 R 帮助为准；例如运行 help("函数名", package = "massdataset")。
展开导出函数列表
activate_mass_dataset, adjust_confounder, aes, arrange, case_when, cbind_mass_dataset, check_annotation_table, check_column_name, check_mass_dataset, check_mass_dataset_class, check_object_class, convert_mass_dataset2mztab, convert_mass_dataset2summarizedexperiment, convert_msdial2mass_dataset, convert_mztab2mass_dataset, convet_mzmine2mass_dataset, count, create_mass_dataset, desc, drop_na, export_mass_dataset, export_mass_dataset4metdna, export_ms2_data, extract_annotation_table, extract_expression_data, extract_ms2_data, extract_process_info, extract_sample_info, extract_sample_info_note, extract_variable_info, extract_variable_info_note, fill, filter, filter_samples, filter_variables, get_massdataset_version, get_mv_number, get_sample_id, get_sample_number, get_variable_id, get_variable_number, ggplot, ggplot_mass_dataset, glimpse, group_by, hello_world, intensity_plot, left_join, left_join_mass_dataset, massdataset_conflicts, massdataset_logo, massdataset_packages, match_mz_rt, merge_mass_dataset, ms2_plot, mutate, mutate_all, mutate_annotation_table, mutate_at, mutate_mean_intensity, mutate_median_intensity, mutate_ms2, mutate_rsd, mutate_sample_na_freq, mutate_sample_na_number, mutate_sample_zero_freq, mutate_sample_zero_number, mutate_variable_na_freq, mutate_variable_na_number, mutate_variable_zero_freq, mutate_variable_zero_number, n, parse_tidymass_parameter, pivot_longer, plot_ms2, pull, rbind_mass_dataset, read_mgf, read_mztab, read_mzxml, relocate, rename, rename_with, report_parameters, select, show_missing_values, show_mz_rt_plot, show_sample_missing_values, show_variable_missing_values, slice, slice_head, slice_max, slice_min, slice_sample, slice_tail, split_mass_dataset, summarise, summarise_samples, summarize, summarize_samples, translate_tidymass_parameter, transmute, update_mass_dataset, update_sample_info, update_variable_info, write_ms2_data