文档核对版本: 0.99.1 · 2026-09-23
masstools 提供其他包共用的辅助工具：分子式校验与质量计算、加合物处理、m/z–RT 匹配、谱图读取转换、去噪及匹配分数。存在同名函数时使用包命名空间。
中性精确质量不是实测前体 m/z，应按离子/加合物和电荷正确转换。谱图相似度受容差、强度处理和碎片覆盖影响，分数本身不等于鉴定。
ID 转换依赖上游服务，保留输入、输出、服务及失败记录，使用结构标识核验一对多映射。LLM 或其他远程服务接口为可选功能，需要配置；生成的 ID 必须独立核验后才能用于注释或富集。
功能范围
分子式与加合物操作、质量转换、谱图解析转换与相似度、m/z–RT 匹配、ID 服务及化合物分类查询。
使用示例
masstools::calculate_mass("C6H12O6", which = "exact_mass")
help("convert_precursor_mz2accurate_mass", package = "masstools")
help("read_mgf", package = "masstools")
help("calculate_spectra_match_score", package = "masstools")
函数查询
下面列出已核对源码中导出的 API，包括兼容接口与辅助函数。具体参数以安装版本的 R 帮助为准；例如运行 help("函数名", package = "masstools")。
展开导出函数列表
build_progress_table, calculate_dot_product, calculate_mass, calculate_spectra_match_score, check_adduct_formula, check_chemical_element, check_chemical_formula, combine_formula_adduct, convert_metabolite_id, convert_metabolite_id_chemspider, convert_metabolite_id_oliver, convert_metabolite_id_openai, convert_precursor_mz2accurate_mass, deduplicate_names, detect_os, df_to_spectra, getDP, getSpectraMatchScore, get_compound_class, get_dp, get_os, get_spectra_match_score, keep_best_match, keep_one, list_masstools_packages, list_metabolite_id_systems, masstools_logo, masstools_packages, match_mz_rt, ms2Match, ms2_match, ms2_plot, mz_rt_match, name_duplicated, parse_chemical_formula, plot_ms2, read_mgf, read_mgf4database, read_mgf_database, read_mzxml, removeNoise, remove_noise, report_conflicts, request_chemspider_metabolite, request_metabolite_id_systems, retrieve_chemspider_metabolite, retrieve_compound_class, show_progresser, spectra_to_df, split_formula, sum_formula, trans_ID