输入数据与样品信息

原始数据

非靶向工作流和 Raw chromatograms 使用 mzML / mzXML。本版本这些入口不直接处理厂商专有 RAW 文件；请先使用适合仪器和采集方式的转换工具。

正、负离子模式建议分别建立项目。文件名去掉扩展名后必须唯一，即使文件在不同子文件夹中也不能重名。不要只用大小写区分样品名。

导入会登记文件位置，后续需要检查 EIC 或质谱时仍可能使用原始文件。因此不要在分析过程中移动、替换或重命名它们。

sample information

原始数据导入支持 CSV、TSV、Excel 样品信息。示例：

sample_id,group,class,batch,injection.order,subject_id
S001,Control,Subject,B1,1,P01
S002,Treatment,Subject,B1,2,P02
QC001,QC,QC,B1,3,
Blank001,Blank,Blank,B1,4,

列	含义与要求
`sample_id`	与原始文件名去掉扩展名后完全一致。例如 `S001.mzXML` 对应 `S001`
`group`	生物学分组；如果列名不同，在 Group column 中指定实际列名
`class`	样品用途，例如 `Subject`、`QC`、`Blank`
`batch`	分析批次，用于检查批次效应等
`injection.order`	进样顺序，用于漂移检查及需要顺序信息的方法
`subject_id`	配对分析中的个体标识，不配对时可以不提供

导入原始文件时，样品信息必须覆盖所有选中的文件，每个 sample ID 只能出现一次。不要用表格行号代替样品名。前导零应保留为文本，例如 001 不能变成 1。

建议明确填写 class，不要依赖自动推断。用于收集 MS2 的 pooled QC 不是自动等同于用于定量质量评价的 QC；只有符合定量实验设计的 QC 才应进入相应 QC 计算。

已有峰表

通过 Dataset builder & converter 将峰表构建为 mass_dataset，再用于独立分析模块。宽表格式示例：

variable_id,mz,rt,S001,S002
F001,100.1234,60,1000,1200
F002,200.2345,120,500,NA

variable_id 唯一。
mz 为离子质荷比，rt 的单位与所选导入选项一致；上例为秒。
强度列名与样品信息的 sample_id 对应。
NA 表示缺失。零是实际数值，不会自动当作缺失值。
元数据中的注释名称不应被当作已确认鉴定，需保留其证据来源。

MS2 数据

MS2 可在支持的导入、数据构建或注释入口附加。MS2 与 feature 的关联依赖前体 m/z 和 RT 等条件；有匹配的 MS2 不代表已确认化合物身份。

开始前用 Sample & file checker 排查重复、缺失和未预期的文件，尤其适合多批次项目。