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两个入口的区别
- Shiny tools 安装和启动一个完整的 Shiny 应用。
- R environment 查看当前 R 环境，并安装额外 R 包，例如工具缺失的依赖。
给 Shiny 安装一个依赖包，不需要把它再注册为一个 Shiny 工具。
安装 Shiny 应用
- 打开 Shiny tools → Install a Shiny tool。
- 选择 GitHub、CRAN 或 Bioconductor。
- 输入仓库地址或包名。
- 如已知，可填写 R package name 和 Startup function；否则先留空尝试自动识别。
- 确认来源可信后勾选界面的信任选项，点击 Install tool。
- 用 View log 检查安装过程。
GitHub 仓库名不一定等于 R 包名。例如仓库名可能含下划线，而实际包名不同。不要把整个 GitHub URL 填到 R package name 中。
工具执行的是本机 R 代码，不只是一个静态网页。第三方应用的功能和依赖由其开发者决定。
启动与管理
在 Installed tools 点击 Open tool。应用占据左侧导航栏之外的主要空间，顶部保留返回、停止和日志按钮。
Back to installed tools 返回列表，不等同于停止进程；需要释放该工具资源时点击 Stop tool。
Manage tool 中可配置启动模式：
| 模式 | 使用场景 |
|---|---|
| Auto-detect | 优先尝试自动识别 |
| Exported function | 包导出了明确的启动函数 |
| Package app_ui / app_server | 包提供相应 UI 和 server 接口 |
| Shiny application folder | 选择含 Shiny 应用文件的目录，以 shiny::runApp() 启动 |
启动函数只填函数名，例如 run_featuremap，不要填 featuremapshiny::run_featuremap()。
runApp 是 shiny 包中的函数，并不是每个第三方包都导出了自己的 runApp。若报 “not an exported object”，检查启动模式和实际函数名。
安装缺失的 R 包
- 打开左下角 R environment。
- 查看已安装包，确认报错中缺少的准确包名。
- 在包安装区域选择正确来源并输入包名或仓库地址。
- 检查安装日志。
- 安装成功后停止并重新启动相关 Shiny 工具。
例如 org.Mm.eg.db 属于 Bioconductor，应按其来源安装，而不是将它当作 CRAN 包。
额外包库与应用内置库分开管理。Shiny 工具还可能具有自己的私有依赖库；核心分析与第三方工具的库搜索优先级可能不同。因此“某处安装成功”不代表每个进程已经加载同一版本，重启工具后仍报错时应查看日志和实际包版本。
从源码安装的包可能需要编译器或系统依赖。遇到此类失败，安装更多 R 包不一定能解决问题，应先找到日志中的首个实际错误。