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点击 Analysis tools，再点击对应卡片的 Open tool。部分工具创建独立项目，部分工具在自己的页面保存结果。
| 工具 | 主要用途 |
|---|---|
| Sample & file checker | 检查样品清单与原始文件是否匹配 |
| Injection sequence designer | 随机化、分批和安排 QC/Blank 进样 |
| Raw chromatograms | TIC、BPC、EIC 和原始扫描谱 |
| Raw data processing | 独立执行峰检测与对齐 |
| Dataset builder & converter | 从表格构建或转换数据集 |
| Data exploration | 探索已有数据集 |
| Data cleaning | 清洗、填补、归一化和批次处理 |
| Metabolite annotation | 对 feature 或查询进行注释 |
| Pathway analysis | 对符合条件的化合物做通路分析 |
| QC report | 输出样品与 feature 质量报告 |
| Targeted peak extractor | 提取预定义 m/z–RT 目标的峰面积与峰形 |
Sample & file checker
提供样品 CSV 和原始文件目录，选择匹配列。普通样品清单通常用 sample_id；进样计划有重复 QC 时通常用唯一的 file_name。
工具检查 mzML、mzXML 和 Thermo RAW 的文件名，不代表能够读取或转换 Thermo RAW 的谱图。匹配去掉扩展名后进行，并区分大小写。检查缺失、重复和未预期文件后，再进行大规模分析。
Injection sequence designer
最少输入：
sample_id
S001
S002
S003
也可包含 group、position 或 vial_position。
- 点击 Import sample CSV。
- 设定 batch 数、随机化和随机种子。
- 设置 Conditioning QC、Pooled QC、Blank、RTQC、MS2 QC 的启用与插入规则。
- 检查每批的样品数和总进样次数。
- 导出 running list、metadata 或保存计划 JSON。
随机化是全体研究样品打乱后分批，不是生物学组别的分层平衡设计。加入 QC 后，总进样次数会超过研究样品数。
重复进样必须有唯一文件名。导出的 metadata 使用进样文件名作为 sample_id，并保留原样品标识，有助于随后与实际原始文件匹配。
当前导出是通用进样计划，不保证可直接导入某一版本的 Xcalibur。 仪器软件要求的列名、方法路径、瓶位和进样量，需要依据该仪器的实际模板确认。
Raw chromatograms
- 选择一个或多个 mzML/mzXML，设定 MS level。
- 点击 Read TIC / BPC。
- 在结果中选择 TIC 或 BPC，默认 TIC。
- hover 查看 RT；点击色谱位置检查该处的扫描谱，并选择对应样品。
- 读取后再输入目标离子 m/z、容差和单位，提取 EIC。
输入的是离子 m/z，不是中性分子质量。MS2 模式下的 EIC 表示相应 MS2 扫描中碎片离子的强度随时间变化，不能自动解释为某个特定前体的靶向碎片曲线。
QC report
输入 mass_dataset 的 RDS/RData，设置 QC RSD、缺失率和 Sample / Blank 阈值。报告只评估和标记，不自动删除 feature。
Intensity across injection order 是输入强度矩阵的总强度趋势，不是从原始扫描提取的 TIC。已经归一化或填补的矩阵会影响指标含义。
Targeted peak extractor
输入目标 CSV：
target_id,mz,rt
Target_A,195.0877,180
Target_B,300.1234,240
RT 单位为秒。选择原始文件、m/z 容差和 RT 积分窗口后运行。
当前方法累加容差内的 MS1 信号，并在固定 RT 窗口用梯形法积分。它不是化合物鉴定，也不会自动拆分共洗脱峰。检查峰形后再解释面积结果。预览可限制样品数，导出范围以工具说明为准。