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参数试跑：先检查小规模数据
入口：Workflows → Raw data processing → Analysis settings → Parameter trial。
- 先在 Data import 完成文件登记。
- 展开 Parameter trial，通过搜索或复选框选择 1–5 个样品。
- 默认选择列表前几个样品，最多三个；这不是自动挑选“有代表性”的样品。请根据 QC、分组和批次主动调整。
- 在同一个 Analysis settings 面板设置峰检测等参数。
- 点击 Run parameter trial。
- 完成后检查样品数、feature 数、缺失情况和警告。
- 在 Inspect trial peak 中选择 feature，再点击 Show peak shape。
峰形选择器使用保存的预览，最多 150 个 feature；完整峰表在该次运行目录中。峰形图展示 EIC，支持框选缩放、复位和下载。
比较参数
调整参数后再次试跑会生成独立记录。使用 Compare saved results 选择两次运行，比较结果和 Settings used for this result。尽量使用相同的试跑样品，避免把样品差异当作参数差异。
将参数用于完整数据
- 选择满意的试跑记录。
- 展开其设置快照，点击 Restore this run’s settings。
- 检查当前参数。
- 点击正式的 Process raw data。
正式处理使用完整导入清单，不沿用试跑的样品子集。
试跑不会完成正式 Raw data processing 步骤，也不会使后续步骤解锁；它不会替换已有正式结果。取消后再试跑会重新开始该次小规模计算，不支持从峰检测中途续算。
任务中心：查看正在运行的任务
入口：窗口顶部 Task center。
显示当前 R 操作、实际耗时、日志、内存和 Cancel task，下方列出项目任务历史。日志中可能显示处理文件、算法阶段或当前阶段进度；这些不能一概解释为整个 workflow 的完成百分比。
正式工作流运行或试跑期间，可以关闭任务中心面板，浏览同一项目的已保存步骤。参数和项目切换保持锁定。
| 运行期间的操作 | 当前行为 |
|---|---|
| 查看已有结果摘要和运行历史 | 可以 |
| 查看已缓存的探索图和默认 feature table | 可以；需要已有缓存 |
| 查看已保存注释表 | 可以 |
| 新提取 EIC、MS2 或生成尚未缓存的 R 结果 | 需要等待当前任务完成 |
| 修改正在运行的参数或切换项目 | 锁定 |
| 取消任务 | 使用 Cancel task，等待状态更新 |
其他短计算仍可能使用运行弹窗；任务中心并不意味着多个 R 分析可同时执行。关闭面板不会取消任务。
完整 workflow 模板
入口：非靶向项目分析页面上方 Workflow templates。
保存
- 配置各步骤参数，或打开一个已有成功结果的项目。
- 展开 Workflow templates。
- 输入 New workflow template name。
- 点击 Save workflow template。
模板收集七个分析阶段的参数；当前步骤使用当前草稿，其他步骤使用已有草稿、保存设置或默认值。预览会记录哪些阶段已有有效成功结果。保存了模板不代表其中的默认参数已经验证。
在另一个项目应用
- 创建或打开新的非靶向项目。
- 在 Workflow template 下拉框中选择模板。
- 展开 Preview settings 检查内容和来源版本。
- 点击 Apply workflow template。
- 配置本项目的原始文件、样品信息、数据库和比较组，再逐步运行。
模板应用到各步骤的参数草稿，并保存到项目；不会自动执行完整流程，也不会修改旧结果或跳过前置步骤。
模板包含什么
保留可复用的分析参数、TidyMass 版本和来源步骤记录。排除原始文件路径、数据库路径、样品选择、试跑子集和比较组 ID。Results & export 的导出选择仍需单独设置。
模板保存在当前电脑的 TidyMass 用户数据目录，可供其他项目使用；它不是已经发布到云端的方法库。