Feature 审查与交互图

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图解:本章操作路线

逐个复核特征。步骤编号表示阅读顺序;此图为流程示意。
逐个复核特征。步骤编号表示阅读顺序;此图为流程示意。 查看原图 ↗

若表格意外变空,先 Clear filters。选中特征并加载证据,比较代表性样本中的峰形,保存包含理由的复核备注。Exclude 只是复核标签;若要从后续分析中移除数据,应使用实际清洗或过滤操作。

联动工作台

在 Data exploration 中选择 m/z–RT distribution。宽窗口中散点图与 feature table 并排显示,中间控件调整宽度;窄窗口会改为上下布局。

点击散点或表格中的 feature 后,选择会同步,表格定位到对应页,下方显示 feature 详情。也可用 Find feature by ID 精确查找。

Previous feature / Next feature 按当前过滤与排序后的列表移动。聚焦 feature 详情区域后可用左右方向键切换;编辑文字时不会把方向键当作 feature 切换。

表格视图

Column view 内容
Basic Feature ID、m/z、RT、平均强度、缺失比例
Quality QC RSD、Sample / Blank、缺失比例、MS2、人工审查状态
Annotation MS2、候选状态和数据中已有的相关注释字段

点击列标题排序。Feature ID 列固定在左侧。可按需要增加少量样品强度列,最多八列,以免大队列表格过宽。

Annotation 视图不会自动生成缺失的注释。没有可用指标时显示 NA,不应当作零或质量合格。

筛选与人工审查

Feature filters 可按 MS2、注释状态、m/z、RT、强度、缺失率、QC RSD、Sample / Blank 等条件筛选。质量指标需要数据中有相应 QC/Blank 和有效观测;QC RSD 至少需要三个有效 QC 观测。

筛选同时影响图和表,但不改变保存的矩阵。需要实际删除或过滤数据时,应使用 Data cleaning 并生成新的结果。

人工审查可设置 Keep、Exclude、Needs confirmation、Favorite 和备注。点击 Save review 保存,使用 Export reviews CSV 导出。Exclude 是审查标记,不自动删除下游数据。

检查证据

选中 feature 后可按需加载:

  • Peak evidence:可用的检测、补峰及积分边界记录。
  • Sample intensities:各样品中的强度。
  • Injection drift:按进样顺序检查变化。
  • RT alignment:可用的保留时间对齐信息。
  • MS2 spectra:已关联的 MS2。
  • Annotation candidates:保存结果中的候选项。
  • MS1 spectrum:所选样品中接近该 feature RT 的扫描谱。

MS1 扫描谱包含该扫描的其他离子,不是分离后的“该化合物纯谱”。有 MS2 和高匹配分数也不能单独证明唯一结构。

峰形

点击 Show peak shape,默认只展示少量样品。展开 Samples and extraction settings 可修改样品、m/z 容差和 RT 窗口。

峰形是原始 RT 下的 MS1 EIC;图中可用的虚线边界来自保存的峰积分证据。首次提取可能需要读取原始数据并建立本地扫描缓存,后续复用缓存。更换或丢失原始文件仍可能导致提取失败。

图表操作与下载

图表工具栏位于各图附近:

  • 鼠标拖动框选区域进行放大。
  • Reset view 或双击恢复初始视图。
  • Download plot 选择可用格式、宽高及 PNG DPI。
  • 提供 Download CSV 时可导出该图对应的数据。
  • 点击 information icon 查看该图的说明。

保存图可能使用完整范围,而不是当前缩放区域;以图旁的说明为准。表格分页和图形预览不代表完整导出被截断,应使用 Download complete CSV 或 Results & export 获取完整数据。

看图操作:筛选、选择并记录特征复核

筛选、选择并记录特征复核。来自 0.1.65 源码工作区的真实组件测试截图;1,200 个特征及质量数值均为合成测试数据。
筛选、选择并记录特征复核。来自 0.1.65 源码工作区的真实组件测试截图;1,200 个特征及质量数值均为合成测试数据。 查看原图 ↗
  1. 通过 Feature filters 缩小显示范围;Clear filters 恢复可用特征。显示筛选不会改写分析矩阵。
  2. 点击表格中的特征 ID,图与详情面板同步选中它;图中为 feature_5。Column view 仅改变显示列,不改变数值。
  3. 点击 Load intensities, MS2 & candidates,再查看证据标签。Show peak shape 前展开 Samples and extraction settings,核对样本及提取窗口。
  4. 在 Review note 记录理由,选择 Review status,再点击 Save review。Export reviews CSV 可保存复核轨迹。测试图中的合成 QC 数值不能用于判断真实实验性能。
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