Docker 是一套平台即服务(PaaS)产品,使用操作系统级别的虚拟化将软件打包在称为容器的包中交付。因此,它对于想与他人共享代码、数据,甚至分析环境以重复他们的分析和结果的人非常有用。
我们提供了 tidymass
的 Docker 版本,其中 tidymass
及其依赖包已全部安装。
安装 Docker
请参考 官网 下载并安装 Docker。然后运行 Docker。
拉取 tidymass
镜像
打开终端并输入以下代码:
docker pull jaspershen/tidymass:latest
运行 tidymass
Docker 镜像
在终端中运行以下代码:
docker run -e PASSWORD=tidymass -p 8787:8787 jaspershen/tidymass:latest
以下命令会将 RStudio 的主文件夹与运行容器的本地机器桌面连接。使用容器时,保存在主文件夹中的任何内容都会存储在本地桌面上。
docker run -e PASSWORD=tidymass -v ~/Desktop:/home/rstudio/ -p 8787:8787 jaspershen/tidymass:latest
打开 RStudio 服务器
然后打开浏览器并访问 http://localhost:8787 来启动 RStudio 服务器。用户名为 rstudio
,密码为 tidymass
。
示例数据和示例分析代码
在此 tidymass
Docker 镜像中,包含一个名为 “demo_data” 的文件夹,帮助用户学习如何使用 tidymass
。
打开 demo_data
文件夹中的 tidymass_demo.Rmd
文件,逐段运行代码,或直接在 RStudio 中点击 Knit
来生成报告结果(HTML 格式),展示整个工作流程。
会话信息
sessionInfo()
#> R version 4.4.1 (2024-06-14)
#> Platform: aarch64-apple-darwin20
#> Running under: macOS 15.0
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.4-arm64/Resources/lib/libRblas.0.dylib
#> LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.4-arm64/Resources/lib/libRlapack.dylib; LAPACK version 3.12.0
#>
#> locale:
#> [1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8
#>
#> time zone: Asia/Singapore
#> tzcode source: internal
#>
#> attached base packages:
#> [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] digest_0.6.37 R6_2.5.1 bookdown_0.40 fastmap_1.2.0
#> [5] xfun_0.47 blogdown_1.19 cachem_1.1.0 knitr_1.48
#> [9] htmltools_0.5.8.1 rmarkdown_2.28 lifecycle_1.0.4 cli_3.6.3
#> [13] sass_0.4.9 jquerylib_0.1.4 compiler_4.4.1 rstudioapi_0.16.0
#> [17] tools_4.4.1 evaluate_0.24.0 bslib_0.8.0 yaml_2.3.10
#> [21] jsonlite_1.8.8 rlang_1.1.4